'Ninja Assasin' cuenta la persecución de Raizo por el Clan Ozunu, una peligrosa sociedad secreta, después de que éste dejase el asesinato profesional atormentado por la ejecución sin piedad de un amigo. Raizo escapa y prepara venganza pero mientras se esconde ayuda a escapar de las redes de este clan a una agente de la Europol que investigó más de lo conveniente...